ищете косяки в тегах/именах, у меня все с HDD сортирует и по альбомам и по исполнителям, думает быстро (~20гБ MP3, есть треки и по паре часов и по ним все равно навигация быстрая). Кстате, по папкам раскидывать не обязательно, все равно на HDD в общую кучу все сваливается. Попробуйте перепрошить башку у официалов...